亳州職業(yè)技術(shù)學院前身是1987年創(chuàng)辦的合肥工業(yè)大學亳州教學點和1989年設(shè)立的安徽教育學院亳州教學點。在此基礎(chǔ)上，1996年成立亳州工業(yè)學校，2003年升格更名為亳州職業(yè)技術(shù)學院。學院占地面積560畝，總建筑面積23.2萬方米，是一所以藥學類專業(yè)為龍頭，醫(yī)護、信息、管理類等專業(yè)為支撐的綜合類職業(yè)院校。

學校開設(shè)有藥學院、醫(yī)護系、管理學系、電子與電氣工程系、信息工程系、建筑工程系、基礎(chǔ)教學部等六系一部49個專業(yè)，其中服務(wù)亳州中醫(yī)藥等十大產(chǎn)業(yè)的相關(guān)專業(yè)35個，已成為全省唯一一所主打中藥品牌的高職院�！，F(xiàn)建有央財支持專業(yè)建設(shè)項目2項，央財支持實訓(xùn)基地建設(shè)項目2項，省級專業(yè)8個，省級綜合改革試點專業(yè)4個。建有國家級實訓(xùn)基地2個，省級實訓(xùn)示范中心8個。

現(xiàn)有各類在校生7045 人，其中中醫(yī)藥和大健康產(chǎn)業(yè)鏈相關(guān)專業(yè)學生數(shù)占全院學生總數(shù)的70%。學院以“培養(yǎng)學生就業(yè)競爭力和發(fā)展?jié)摿Α蹦繕�，“十二五”期間，在全國職業(yè)技能大賽中，榮獲一等獎1項；二等獎5項；三等獎8項。在省職業(yè)技能大賽中也多次獲獎。畢業(yè)生就業(yè)率一直保持在98%左右，創(chuàng)業(yè)率2.5%，對口就業(yè)率保持在85%左右。2011年、2012年，學院連續(xù)兩年榮獲“安徽省普通高等學校畢業(yè)生就業(yè)工作先進集體”榮譽稱號。

起，與安徽中醫(yī)藥大學聯(lián)合舉辦中藥學專業(yè)專升本班，在全省67所高職院校中率先舉辦全日制本科教育，現(xiàn)連續(xù)招生兩屆，共117人。與安徽中醫(yī)藥大學開展在職研究生專業(yè)學位教育，與沈陽藥科大學、合肥工業(yè)大學開展本科層次函授教育，目前在籍學生1000余人。
學院現(xiàn)有教師382人，其中教授、研究員和主任醫(yī)師等正高級職稱人員 17人,副教授、副研究員、副主任醫(yī)師、高級工程師等副高級職稱人員64人，享受市政府津貼教授3名；省級教學名師2人，省級專業(yè)帶頭人2人，省級教壇新秀6名，市級專業(yè)技術(shù)拔尖人才1人，市級學術(shù)和技術(shù)帶頭人9人，碩士學位及以上教師158人。
學院是安徽省自主招生改革試點院校，安徽省高職院校A聯(lián)盟成員單位，安徽省市屬高校聯(lián)盟首屆輪值主席單位，淮海經(jīng)濟區(qū)高職院校協(xié)作會理事單位。安徽省就業(yè)先進單位、安徽省綠化工作模范單位、安徽省紅十字先進模范校、安徽省A級大學生創(chuàng)業(yè)孵化基地，第五屆、第六屆亳州市文明單位。
“十三五”期間，學院將圍繞建設(shè)“地方技能型高水大學”這個總目標，堅持以學生為中心的辦學理念；堅持以黨建工作為統(tǒng)領(lǐng)，抓規(guī)范、建機制、打基礎(chǔ)；堅持走內(nèi)涵式發(fā)展道路，著力培養(yǎng)學生的就業(yè)競爭力和發(fā)展?jié)摿Γ粓猿指母飫?chuàng)新，全面提高辦學水。